Volgens de website van de University of Wisconsins BioWeb is een PCR-primer een korte, synthetische oligonucleotide (meestal tussen de 18 en 25 basen lang) die wordt gebruikt om specifieke DNA-gebieden te amplificeren in een moleculaire biologietechniek die bekend staat als polymerasekettingreactie (PCR). Zowel een voorwaartse als achterwaartse primer zijn nodig, ontworpen om omgekeerde complementen van de DNA-streng te zijn, om te flankeren en te binden aan het gewenste DNA-gebied. Wanneer wetenschappers onderzoek willen doen naar een specifiek gen of DNA-gebied, moeten ze eerst PCR uitvoeren om voldoende van het doelgebied te verwerven om mee te werken. Het ontwerpen van primersequenties voor het interessegebied kan nodig zijn als ze niet al beschikbaar zijn via eerder gepubliceerd onderzoek of met commerciële middelen.
Zoek de nucleotidesequentie van het gen of het DNA-gebied van interesse en bepaal hoe lang een fragment u wilt amplificeren. De voorwaartse en achterwaartse primer is ontworpen om te binden aan het begin en aan het einde van het gewenste fragment. Typisch gebruiken conventionele PCR-werkwijzen primers die een gebied tussen 100 tot 1.000 basenparen lang flankeren, terwijl real-time PCR-werkwijzen fragmenten gebruiken van ongeveer 50 tot 200 basenparen lang.
Bepaal waar in de reeks u de primers wilt laten liggen. U wilt bijvoorbeeld de locatie nabij het 5 of het 3 einde van de reeks of in het midden. Wijs desgewenst de locatie van de primers aan om een intron te overspannen.
Volg de aanbevolen richtlijnen voor het ontwerp van de primer. Succesvolle amplificatie van DNA-product hangt af van de kwaliteit van de primers en bepaalde variabelen zijn van cruciaal belang.
Ontwerp primers met een lengte van 18 tot 24 basen. Vincent R. Prezioso, Ph.D., van Brinkmann Instruments Inc., suggereert dat deze lengte lang genoeg is om extreem specifiek te zijn voor het gewenste DNA-gebied, maar kort genoeg om gemakkelijk te binden (gloeien). De smelttemperatuur van de primer (Tm) moet tussen 55 en 80 graden Celsius zijn, laag genoeg om volledig te smelten bij of boven 90 graden Celsius, maar hoog genoeg om gloeien toe te staan. Het GC-gehalte (percentage Gs en Cs in de reeks) moet tussen 40 en 60 procent liggen. Het 3-uiteinde van de primersequentie moet eindigen op een C of een G (een GC-klem genoemd) om binding te bevorderen, omdat de G- en C-nucleotiden sterkere bindingen hebben, vermijd echter drie of meer G's of C's in de laatste vijf basen van de reeks.
Vermijd runs van vier of meer van één base (zoals ACCCC ...) of vier of meer di-nucleotide herhalingen (zoals ATATATAT ...) omdat ze een verkeerde priem kunnen veroorzaken.Ontwerp primers zonder intra-primer homologie (meer dan drie basen die complementair zijn binnen de ene primer zelf) of inter-primer homologie (waarbij de voorwaartse en omgekeerde primer complementaire sequenties hebben). Dit kan zelf-dimeren of primer-dimeren veroorzaken, waarbij de primers aan zichzelf binden in plaats van aan de gewenste DNA-sequentie te binden.
Gebruik online bronnen en websites die helpen bij het ontwerpen van primers of helpen bij het controleren van primersequenties op zelfcomplementariteit of het potentieel om secundaire structuren zoals haarspelden te maken. Sommige websites voor primerontwerp omvatten Massachusetts Institute of Technologys Primer3, National Center for Biotechnology Information Primer-Blast en Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.