Inhoud
- TL; DR (te lang; niet gelezen)
- Wat is elektroforese?
- Onvoldoende gelbereiding
- Teveel monster
- Monster van slechte kwaliteit
Heb je je ooit afgevraagd hoe wetenschappers kleine fragmenten zoals jouw DNA bestuderen? Een methode is gelelektroforese. Hoewel elektroforese meestal heldere, gemakkelijk te lezen banden produceert die perfect zijn voor wetenschappelijke interpretatie, verdoezelen de resultaten soms de gegevens.
TL; DR (te lang; niet gelezen)
Met gelelektroforese kunnen wetenschappers verteerde monsters visualiseren en de grootte van de fragmenten meten. Smering is het gevolg van onjuist bereide agarosegels, het laden van een onverdund monster in de putjes of het gebruik van monsters van slechte kwaliteit.
Wat is elektroforese?
Gelelektroforese is een manier voor wetenschappers om verteerde monsters van kleine moleculen zoals DNA te visualiseren en de grootte van die fragmenten te schatten. Om elektroforese uit te voeren, bereiden wetenschappers een gel voor door agarose in kokend water te suspenderen. De resulterende polymerisatie produceert gekruiste suikerpolymeren zodat de gel een beetje lijkt op een spinnenweb op chemisch niveau.
Wetenschappers gebruiken een snij-instrument om putjes in de gel te vormen, zodat ze zeer kleine hoeveelheden verteerde monsters in de putjes kunnen laden. Als u de machine inschakelt, stroomt er elektriciteit door de gel en beginnen de fragmenten in de monsters van de putjes naar de andere kant van de gel te reizen. Omdat de gel webachtig is, reizen kleinere fragmenten snel door de matrix, terwijl grotere fragmenten langer nodig hebben om door de matrix te klimmen. Wanneer het klaar is, bevat de gel donkere banden die aangeven hoe ver verschillende fragmenten zijn gereisd. Wetenschappers meten deze banden en gebruiken een logaritmische berekening om de grootte van elk fragment te bepalen op basis van hoe ver het is gemigreerd.
Wetenschappers hopen op duidelijke banden, maar soms smeren de banden. Dit smeren is meestal het gevolg van slecht bereide gels, het laden van onverdunde monsters in de putjes of monsters van slechte kwaliteit.
Onvoldoende gelbereiding
Als het gaat om gesmeerde resultaten, is een waarschijnlijke dader een slecht bereide gel. Een bevredigende gel polymeriseert gelijkmatig en produceert een uniforme matrix door de gel in de gietschaal. Als een deel van de gel - meestal de onderste helft - hard wordt voordat de wetenschapper klaar is met het gieten van de hele schaal, zal de resulterende gel ongelijk zijn en vlekken opleveren.
Teveel monster
Voordat monsters in de putjes worden geladen, moeten die monsters voldoende worden verdund om door de gel te lopen zonder de putjes te overlopen. Als een geladen monster te geconcentreerd is omdat de wetenschapper vergat het te verdunnen of een onjuiste verdunningsfactor gebruikte, zijn de fragmenten te groot voor de putjes en produceren ze vlekken.
Monster van slechte kwaliteit
Smering is ook het gevolg van slechte monsterkwaliteit. Een DNA-monster dat bijvoorbeeld met eiwit is verontreinigd of teveel zout bevat, kan vlekken veroorzaken. Afgebroken of gedenatureerde monsters geven ook slechte resultaten, waaronder gesmeerde banden.
Gelelektroforese is een geweldige manier voor wetenschappers om verteerde monsters te visualiseren en de fragmentgrootte te bepalen. Zorgvuldige voorbereiding van zowel de gel als het monster minimaliseert de mogelijkheid van smeren en levert heldere banden op, ideaal voor wetenschappelijke interpretatie.