Inhoud
Enzymen zijn eiwitten die werken om de activeringsenergie bij chemische reacties te verlagen terwijl ze niet in de reactie worden verbruikt. Biologisch zijn enzymen essentiële moleculen die reacties in metabole systemen versnellen. Als gevolg hiervan onderzoekt de enzymkinetiek de reactiesnelheid van enzymen in verschillende chemische omgevingen. Veel factoren beïnvloeden de snelheid van een enzym. De concentratie van een substraat, temperatuur, remmers en pH beïnvloeden de drempelwaarde van een enzym in een chemische reactie. Met behulp van lineaire relaties zoals de Lineweaver-Burk-plot, kunt u de maximale snelheid van een enzym vinden.
Gemak van het berekenen van de Vmax in Lineweaver-Burk Plot
Begin met het uitzetten van de Michaelis-Menten-vergelijking om een hyperboolcurve te krijgen. Gebruik vervolgens de reciproke van de Michaelis-Menten-vergelijking om een helling-onderscheppingsvorm van de enzymactiviteit te verkrijgen. Vervolgens verkrijgt u de snelheid van enzymactiviteit als 1 / Vo = Km / Vmax (1 /) + 1 / Vmax, waarbij Vo de beginsnelheid is, Km is de dissociatieconstante tussen het substraat en het enzym, Vmax is de maximale snelheid, en S is de concentratie van het substraat.
Omdat de helling-onderscheppingvergelijking de snelheid relateert aan de concentratie van het substraat, kunt u de typische formule van y = mx + b gebruiken, waarbij y de afhankelijke variabele is, m de helling is, x de onafhankelijke variabele is, en b is het y-onderscheppen. Vóór specifieke computersoftware gebruikte u ruitjespapier om de lijn te tekenen. Nu gebruikt u typische databasesoftware om de vergelijking te plotten. Als u dus de beginsnelheid, Vo en de verschillende concentratie van het substraat kent, kunt u een rechte lijn maken. De lijngrafiek vertegenwoordigt de helling van Km / Vmax en y-intercept van 1 / Vmax. Gebruik vervolgens de reciproke van de y-intercept om de Vmax van de enzymactiviteit te berekenen.
Gebruik voor het Lineweaver-Burk-plot
Remmers veranderen de maximale snelheid van de enzymactiviteit hoofdzakelijk op twee manieren: competitief en niet-competitief. Een competitieve remmer bindt aan de activeringsplaats van een enzym dat het substraat blokkeert. Op deze manier concurreert de remmer met het substraat om aan de enzymplaats te binden. Het toestaan van een hoge concentratie van de competitieve remmer zorgt voor de binding aan de site. Daarom verandert de competitieve remmer de dynamiek van de enzymatische snelheid.Eerst wijzigt de remmer de helling en de x-intercept Km waardoor een veel steilere helling ontstaat. De maximale snelheid, Vmax, blijft echter hetzelfde.
Aan de andere kant bindt een niet-competitieve remmer op een andere plaats dan de activeringsplaats van het enzym en concurreert niet met het substraat. De remmer modificeert de structurele componenten van de activeringsplaats, waardoor wordt voorkomen dat het substraat of een ander molecuul aan de plaats bindt. Deze verandering heeft invloed op de affiniteit van het substraat voor het enzym. Niet-competitieve remmers veranderen de helling en het y-onderschepping van de Lineweaver-Burk-plot, waardoor de Vmax wordt verlaagd terwijl het y-onderschepping wordt verhoogd met een steilere helling. Het x-onderscheppen blijft echter hetzelfde. Hoewel de Lineweaver-Burk-plot op veel manieren nuttig is, heeft de lijnplot beperkingen. Helaas begint de plot snelheden te vervormen bij zeer hoge of lage substraatconcentraties, waardoor extrapolaties op de plot ontstaan.