Inhoud
Western blotting is een van de meest voorkomende procedures in biochemische laboratoria. Kortom, het scheidt eiwitten uit een monster op basis van grootte en test vervolgens met behulp van antilichamen om te bepalen of een bepaald eiwit aanwezig is. Het is niet alleen nuttig in onderzoek, maar ook in medische of diagnostische laboratoria; tests voor zowel HIV als de ziekte van Lyme, bijvoorbeeld, omvatten een enzym-gekoppelde immunosorbent assay (ELISA) test, gevolgd door een Western-blot als de ELISA positief test. Ondanks zijn populariteit heeft West-blotting echter verschillende nadelen.
Nonquantitative
Klassieke Western blots zijn niet kwantitatief. Met andere woorden, hoewel ze onderzoekers kunnen vertellen of een bepaald eiwit aanwezig is, maken ze het niet mogelijk om te kwantificeren hoeveel van het eiwit aanwezig is. Sommige biotechbedrijven verkopen nu kits waarmee onderzoekers of laboranten de hoeveelheid aanwezig eiwit kunnen kwantificeren met behulp van een standaardcurve - maar dit werkt alleen als er pure monsters van hetzelfde eiwit beschikbaar zijn. Bovendien kan het molecuulgewicht van een eiwit alleen worden geschat met Western-blotting, in plaats van precies te worden bepaald zoals met massaspectrometrie.
antilichamen
Een Western-blot kan alleen worden uitgevoerd als primaire antilichamen tegen het betreffende eiwit beschikbaar zijn. Hoewel antilichamen voor veel verschillende eiwitten verkrijgbaar zijn bij biotechbedrijven, zijn ze niet goedkoop; als primaire antilichamen niet beschikbaar zijn voor een bepaald eiwit, is het niet mogelijk om een Western-blot uit te voeren op zoek naar dat specifieke eiwit. Bovendien willen onderzoekers misschien bepalen of een eiwit op de een of andere manier is gemodificeerd - of het is gefosforyleerd (bijvoorbeeld, waaraan een fosfaatgroep is bevestigd) - en met de Western blot-techniek hebben ze antilichamen nodig die specifiek zijn voor het gemodificeerde eiwit.
Opleiding
Het kan een uitdaging zijn om een Western-blot correct uit te voeren en goede resultaten te krijgen, dus het personeel moet goed zijn opgeleid.In dit, net als in veel andere, is ervaring misschien de beste leermeester; zelfs voor een ervaren technicus is een Western-vlek echter tijdrovend. Het gelelektroforese-gedeelte van het experiment duurt bijvoorbeeld typisch één tot twee uur. Andere taken kunnen natuurlijk worden uitgevoerd terwijl de gel actief is, maar het experiment duurt nog behoorlijk lang om resultaten te krijgen.
Overige beperkingen
Antilichamen kunnen soms enige off-target binding vertonen, wat tot slechtere resultaten kan leiden. Bovendien gebruikt u met Western-blotting een antilichaam tegen een specifiek eiwit, dus uw resultaten zullen u alleen vertellen of dat eiwit aanwezig was. Massaspectrometrie met hoge resolutie onthult daarentegen alle eiwitten die in een monster aanwezig zijn en is in tegenstelling tot klassieke Western-blotting kwantitatief. Het is belangrijk om te onthouden, natuurlijk, dat massaspectrometrie veel duurder is en ook technisch uitdagender is om te gebruiken in vergelijking met westerse blotting.