Inhoud
Gelelektroforese is een methode die in laboratoria wordt gebruikt om DNA-strengen te meten en te sorteren. Het is noodzakelijk omdat DNA onder normale omstandigheden te klein is om te manipuleren, zelfs wanneer het wordt bekeken met de meeste microscopen. Het gelelektroforese-lab maakt gebruik van een relatief eenvoudige procedure en dezelfde basistechniek kan ook worden gebruikt om afzonderlijke eiwitten te scheiden.
De gelmatrix
Om met de gelelektroforese-procedure te beginnen, moet u eerst de gel maken. Gewoonlijk worden gels in dunne vellen gemaakt met behulp van een stof die agarose wordt genoemd. Poedervormige agarose wordt in een kolf geplaatst, gevolgd door een zoutwateroplossing die een buffer wordt genoemd. Dit mengsel van agarose en buffer wordt verwarmd tot de twee stoffen samen smelten en vervolgens in een vormvorm gegoten. Een apparaat dat een kam wordt genoemd, wordt vervolgens aan één uiteinde van de vorm geplaatst voordat de gel afkoelt. Wanneer de gel is afgekoeld, wordt de kam verwijderd, waardoor er kleine gleuven overblijven die worden gebruikt om DNA-monsters te bevatten.
Een speciaal kenmerk van het gekoelde agarosemengsel (een gelmatrix genoemd) komt voort uit het feit dat het is gemaakt met zout water. Wanneer geëlektrificeerd, zal de matrix geleidend worden, waardoor elektriciteit langs zijn lengte kan stromen. Een andere speciale eigenschap van de gelmatrix is de aanwezigheid van regelmatige, microscopische gaten. Door deze gaten kunnen DNA-strengen door de gelmatrix reizen en het sorteerproces worden vergemakkelijkt.
De elektroforesekamer
Uw volgende stap is het creëren van een elektroforesekamer. Dit is een kleine rechthoekige doos, bedraad met een positieve en negatieve elektrische verbinding aan beide uiteinden. Kamers zijn meestal ondiep, klein genoeg om op een tafelblad te passen en gebouwd van heldere materialen zoals plexiglas.
Zout wateroplossing wordt op de bodem van de elektroforesekamer gegoten en de gelmatrix wordt enigszins ondergedompeld in deze oplossing. Het zoute water dient twee doelen: de stroom van elektriciteit helpen en de gelmatrix vochtig houden. Omdat DNA wordt voortgestuwd door een negatieve lading, plaatst u uw matrix zodat uw monsters zich naast uw negatieve elektrische verbinding bevinden.
Het DNA voorbereiden
DNA-monsters worden vervolgens bereid. Omdat DNA in oplossing vrijwel onmogelijk te zien is, wordt een kleurstof genaamd een laadbuffer aan elk afzonderlijk monster toegevoegd. Deze agent verdikt ook de DNA-oplossing, waardoor deze minder vloeibaar en werkbaarder wordt. Breng met behulp van een pipet een monster DNA-oplossing over in elke alternerende gleuf in de gelmatrix. Plaats in de lege ruimte tussen elk monster een oplossing van DNA waarvan u de lengte al kent (de DNA-standaard genoemd) voor controle en vergelijking van het experiment.
Schakel de stroom in
Zet nu uw elektroforesekamer aan. Onder negatieve kracht worden uw DNA-monsters over de lengte van de kamer gedwongen. Kleine strengen DNA zullen sneller door de gelmatrix bewegen en in korte tijd zullen ze zich scheiden van langere, langzamere strengen. Met de kleurstof in de kleurstof kun je het DNA volgen. Je zult geen afzonderlijke DNA-strengen kunnen zien, maar strengen van dezelfde lengte klonteren samen.
Laatste stappen
Wanneer het DNA is uitgezocht, wordt de matrix uit de elektroforesekamer verwijderd. Het DNA wordt vervolgens gekleurd om gemakkelijker metingen en onderzoek mogelijk te maken.